6 通过加权基因共表达网络(Weighted Gene Co-expression Network Analysis,WGCNA)

6.通过加权基因共表达网络(Weighted Gene Co-expression Network Analysis,WGCNA)构建预后基因的共表达网络,通过基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)研究受影响的相关代谢及信号通路,从而进一步确定铁代谢相关基因在肝细胞癌中的潜在调控机制。7.收集2020年9月至2020selleck年10月12例在山东省立医院接受外科手术的肝细胞癌患者的配对癌和癌旁组织标本,利用免疫组织化学染色法鉴定目标蛋白在组织标本中的表达情况。研究结果1.在TCGA数据库中,肝细胞癌组织中共有71个差异表达的铁代谢相关基因,其中29个呈上调,42个呈下调。对这71个基因的表达水平和CpG位点甲基化进行相关性分析,再进行LASSO Cox回归分一般析和单因素、多因素Cox回归分析,鉴定出4个铁代谢相关基因与肝细胞癌患者的预后相关,包括RRM2、FTCD、CYP2C9、ATP6V1C1。2.根据4个基因表达水平和相关系数建立预后模型,计算出的风险评分公式为Risk score=RRM2×0.24+FTCD×(-0.087)+CYP2C9×(-0.097)+ATP6V1C1×0.27通常。通过K-M生存分析显示,肝细胞癌高风险组患者的生存率明显低于低风险组患者的生存率(p=3.356e-06)。绘制ROC曲线对肝细胞癌患者1年、3年和5年的总生存率进行预测,曲线下面积(area under the curve,AUC)分别为0.74,0.67和0.65。多因素Cox回归分析进一步表明,风险评分是与肝细胞癌患者预后相关的独立预测因子(p=2.8e-06,HR=1.7,95%置信区间1.4-2.1)。

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