0软件对49个2,4-二芳基氨基吡啶类似物化合物进行三维定量构效关系(3D-QSAR)研究及蛋白质分子对接(Docking)研究,用数据阐述模型的可靠性,对后续类似ALK磷酸激酶抑制剂的研究起到至关重要的作用。论文第五章,对于文章的中心思想进行了总结,阐明用计算机辅助药物设计的方法对于ALK磷酸激酶抑制剂的研究具有重大的意义。
在癌症的化疗与靶向药物的治疗过程中,普遍存在耐药性问题。目前,研究者通常通过建立耐药细胞系模型,研究耐药性机制和筛选耐药基因标志。然而,现有的耐药细胞系分析方法存在很大的缺陷,其中两个主要的问题是(1)缺乏判断耐药细胞系模型是否建立成功的金标准(gold

PR-171 standard);(2)在耐药与敏感细胞系间选择差异表达基因的方法普遍缺乏严格的统计控制。这些问题可能是导致不同研究工作找到的耐药基因表达标志不具有可重复性的重要原因。针对此问题,本文以癌细胞系耐药模型为主要研究对象,提出了一种细胞系分析方法,从多组用不同处理方法建立的耐药细胞系中筛选具有显著可重复性的耐药关键基因。本文主要研究内容分为以下两个部分:第一部分针对之前工作中采用的人为设定倍数差异(Fold Change,FC)阈值的方法存在的不确定问题,提出由技术重复细胞系样本(replicates)获得的耐药相关基因的可重复性判断的统计模型,用于评估由耐药细胞系的样本获得的差异基因的可靠性。然后,在几套培养处理模式各不相同的独立细胞系数据中分别筛选差异表达基因,并评价其差异表达模式(上、下调方向)一致的基因,将其作为耐药基因标志。最后,寻找几套数据集的差异基因富集到的具有重现性的功能类,分析耐药性影响的相关功能。在第二部分中,针对三类临床常见的癌症治疗药物(他莫昔芬、奥沙利铂和厄洛替尼)的耐药细胞系模型,我们应用上述算法分别在其中筛选耐药基因表达标志。在他莫昔芬耐药的乳腺癌细胞系中,我们确定了91个与他莫昔芬耐药相关的基因表达标志,并发现了他莫昔芬耐药性的产生主要与溶酶体、RNA运输等功能相关;在奥沙利铂耐药的结肠癌细胞系中,我们发现了20个与奥沙利铂耐药相关的基因表达标志,其耐药性的产生与mRNA修饰、碱基替换或颠换编辑相关;在厄洛替尼耐药的肺癌细胞系中,我们找到了18个与厄洛替尼耐药相关的基因表达标志,且发现厄洛替尼耐药性的产生会扰动细胞扩增相关的功能。
目的:(1)探讨碱性成纤维细胞生长因子单克隆抗体(b FGF单抗)联合Lobaplatin(LBP)对肺癌细胞系A549细胞增殖、凋亡和转移的影响及其可能的作用机制。(2)系统评价Lobaplatin联合化疗治疗晚期非小细胞肺癌(NSCLC)的疗效和安全性。方法:制备腹水型bFGF单抗,体外培养肺腺癌A549细胞,将细胞分为四组(control组、b

并且 FGF单抗组、LBP组及b FGF单抗+LBP组)处理48h。(1)CCK-8法测定其对A549细胞增殖的影响;流式细胞仪检测药物作用后细胞周期分布的变化,Western blot法检测细胞周期相关蛋白CDK4和cyclin D的表达水平。(2)流式细胞仪检测药物作用A549细胞凋亡,DAPI染色激光共聚焦显微镜下观察细胞凋亡过程中细胞核的变化,western blot法检测细胞凋亡PI3K/Akt信号通路有关蛋白bcl-2、caspase-3、caspase-9、PARP及BAX、cleave-caspase-3、cleave-caspase-9、cleave-PARP的表达变化。(3)划痕实验及Transwell小室检测不同药物分组对A549细胞侵袭及迁移能力的影响,Western Osimertinib solubility dmso blot法检测细胞侵袭迁移相关蛋白MMP-2和MMP-9的表达。(4)计算机检索Cochrane Library、Pub Med、EMBase、中国期刊全文数据库(CNKI)、中国生物医学文献数据库(CBM)、维普中文期刊数据库、万方数据库,纳入LBP联合化疗对比顺铂联合化疗治疗晚期NSCLC的随机对照试验(PCT),根据纳入与排除标准筛选后,运用改良后的Jadad量表评价纳入文献的方法学质量,并采用Cochrane协作网提供的Rev

Man5.2统计学软件进行Meta分析。结果:(1)CCK-8结果显示不同的药物分组可抑制A549细胞的增殖,并以bFGF单抗+LBP对肺癌A549细胞增殖作用最为明显,流式细胞仪检测结果发现b FGF单抗联合LBP可抑制A549细胞周期的进行,阻止细胞周期在G0/GI期。Western blot检测结果表明b FGF单抗和LBP可下调细胞内CDK4和cyclin D的表达。(2)流式细胞仪检测结果显示b FGF单抗,LBP单独及联合可诱导A549细胞凋亡。DAPI染色激光共聚焦显微镜下发现可引起细胞核固缩、核裂解。Western blot结果表明b FGF单抗联合LBP通过下调bcl-2、casepase-3、casepase-9、PARP的表达,上调BAX、cleave-casepase-3、cleave-casepase-9、cleave-PARP的表达来诱导A549细胞的凋亡。(3)划痕实验和Transwell小室基质胶实验显示b FGF单抗,LBP单独及联合可抑制A549细胞侵袭迁移能力。Western blot检测结果发现药物作用后可下调MMP-2和MMP-9蛋白表达来阻断细胞的侵袭迁移。(4)共纳入11项RCT,合计724例患者。Meta分析结果显示,试验组患者的客观缓解率[RR=0.96,95%CI(0.79,1.16),P=0.65]、白细胞减少发生率[RR=0.95.,95%CI(0.83,1.08),P=0.42]和血小板减少发生率[RR=0.96,95%CI(0.80,1.15),P=0.68]与对照组比较差异无统计学意义;但试验组患者恶心呕吐发生率[RR=0.55,95%CI(0.46,0.